SMP Walisongo Gempol berdiri sejak tahun 1966 yang pada mulanya bernama SMP MA’ARIF WALISONGO,

Sejak tanggal 9 Nopember1983 , SMP Walisongo Gempol sudah menmpati gedung baru yang berlokasi di Jalan Cempaka
Putih No.9 Gempol Sebelah timur VIADUK/Rel Kereta API

Sebagai sekolah baru Pada saat itu jumlah jumlah ruangan terdiri dari 6 ruang belajar, 1 ruang guru, 1 ruang kepala sekolah, 1 ruang tata usaha , memiliki 9 orang guru , 1 orang tetap, 1 orang pegawai TU tetap, dan siswa sebanyak 2 rombongan belajar dengan jumlah siswa baru 33 siswa. Kepala sekolah yang memimpin pada saat itu adalah KH. IMRON ROSYIDI, BA sampai tahun 1975.

Mulai tahun 1985 tambuk kepemimpinan SMP Walisongo Gempol diserahkan kepada Kepala Sekolah defenitif pertama yaitu KH. IMRON ROSYIDI, BA. dengan SK pengangkatan kepala sekolah .

Berikut Urutan  kepala sekolah  SMP Walisongo GEmpol :

1. IMRON ROSYIDI, BA (1976 – 1987)
2. M. TISNO (1987 – 1989)
3. H. ABD KIROM (1989 – 2006)
4. HIDAYAT, S.Pd., M.Pd (2007 – 2012)
5. H. ABD KIROM, MM. (2013 – 2016)
6. MUKHAMAD UJI, S.Pd (2017 – 2020)
7. LAILATUL RIFQIYAH, S.Ag (2021 - SEKARANG)